厦门的魅力，很大程度上来源于良好的生态环境，尤其是空气质量。一位游客曾经说，他来厦门，一个目的就是呼吸渗透着大海气息的新鲜空气。
厦门是白鹭聚集的地方，生态环境良好。然而在2003年，厦门空气质量拉响警报——让厦门人深感自豪的空气质量指标，呈明显下滑趋势，特别是2003年初“优”少“良”多，甚至多次出现“轻微污染”现象。
淘汰落后产能推广清洁能源
开展清洁生产审核、咨询、信息、技术等服务
厦门市环保局调查后分析认为，厦门的空气污染，除了工地扬尘、汽车尾气等因素，单位及个人用煤造成的粉尘污染也是主要原因之一。
为提高空气环境质量，2003年8月27日，厦门市政府发出了《厦门市人民政府关于禁止和限制加工、销售、使用燃煤和高污染燃料的通知》。一纸“禁煤令”，让上个世纪风靡一时的蜂窝煤退出了历史舞台，如今，在厦门的大街小巷，已经找不到“烧煤户”。
为进一步控制扬尘污染，改善大气环境质量，从2004年1月1日起，厦门市全面开展禁止使用燃煤工作，并逐步扩大“禁煤”范围。通过取缔燃煤加工场、取缔煤球销售点等一系列整治行动，加工和销售燃煤的行为得到有效的遏制，使用燃煤的餐饮店大幅减少，对一些困难户，则通过一次性补助的方式，解决了这个问题。
与此同时，厦门还逐步限制和淘汰工业燃煤锅炉。以思明区为例，1992年底，思明区共有燃煤锅炉33台，2003年底为19台，到2006年仅剩下6台，燃煤用量从1996年底的7.48万吨下降到2006年底的1.56万吨，相当于10年间燃煤二氧化硫的减排量达到79%，到“十一五”末，思明区辖区内所有燃煤锅炉已全部被淘汰。
到目前为止，厦门本岛和岛外建成区全面禁止使用燃料煤，5个热电厂集中供热蒸汽用户有111家企业，餐饮业和居民普遍使用燃气。统计结果表明，随着厦门市大力禁煤，如今生活污染源所占比例仅为1%。
2002年~2005年，厦门市工业能耗呈逐年上升趋势。不过，由于全市加大力度严格控制电力行业燃煤含硫量，要求烟尘必须达标排放并安装在线监测仪器，使得每万吨燃料烟尘的排放系数由62.6吨降至34.2吨，二氧化硫排放系数保持在一定水平。
近年来，厦门推行燃煤锅炉集中区域和工业园区集中供热，逐步淘汰企业小型燃煤自备电站；制定车用成品油供应方案，做好各阶段符合排放标准的燃油保障；加强对全市车用燃油市场和加油站车用油品的质量监督和抽查检测，建设机动车环保标志管理电子警察系统、排气检测中心；开展加油站、储油库、油罐车油气回收技术改造工作；制定清洁汽车发展规划，推动厦门市电动、混合动力及CNG燃料等清洁汽车的发展。
厦门市加快实施锅炉（窑炉）改造工程和电机系统节能改造工程，推动工业锅炉和窑炉实施锅炉房系统、燃烧系统及窑炉高效燃烧、窑体全保温等节能减排改造；积极推进区域热电联产工程，在工业集中区实现集中供热；大力推进余热余压利用工程，推进建筑陶瓷、玻璃炉窖余热回收利用、化工企业余热回收利用以及轻纺企业余热发电、冷凝水回收利用。
全市健全节能减排统计、监测和考核体系，推动重点企业能源审计工作。依法淘汰落后产能，制订淘汰落后产能实施方案，并组织实施。加快工业清洁生产技术的研发和推广，督促有关企业和行业按照《清洁生产审核暂行办法》实施清洁生产审核，从源头和全过程控制污染物产生和排放，降低资源消耗；建立和完善清洁生产中心，开展清洁生产的审核、咨询、信息、技术等服务工作，加强对企业生产过程的环境监督，积极推进节约和替代石油工程，推广使用水煤浆、燃气等清洁能源。
厦门市将环境影响评价、清洁生产工作纳入有关部门责任考核，严格执行减排指标完成情况与市、区长目标责任书相结合的考核办法。节能减排工作取得了明显成效。2010年，厦门市二氧化硫控制在4.498万吨，较2005年削减33.56%，超额完成省政府下达的27.2%的指标任务，厦门成为全国节能减排二十佳城市之一。2012年，空气质量为优的天数为176天，环境空气质量优良率达100%。
制定机动车污染控制规划
从排放标准、市场准入、检测标准等方面加强管理
汽车改变了厦门人的生活，也改变了厦门市的大气质量。
厦门环保部门已经完成的空气污染来源研究课题表明，汽车尾气污染占所有污染源的61%，已成为影响厦门市空气质量的主要污染源。